全基因组甲基化
全基因组甲基化测序（Whole Genome Bisulfite Sequencing，，，WGBS）是将重亚硫酸盐（Bisulfite）处理方法和Illumina高通量测序相结合，，，对有参考基因组信息的物种进行全基因组范围内的甲基化水平检测。。WGBS可以精确到单碱基分辨率，，精确分析每一个C碱基的甲基化状态，，可以达到全基因组覆盖, 是研究甲基化水平的“金标准”。。。WGBS满足全基因组甲基化图谱、、疾病关联分析、、、基因调控分析、、、疾病的甲基化标志物筛选等探索性课题研究。。
生物信息学分析内容
简化甲基化测序RRBS
简化甲基化测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing，，RRBS）通过酶切富集启动子及 CpG 岛区域，，，并进行 Bisulfite 测序，，，同时 实现 DNA 甲基化状态检测的高分辨率和测序数据的高利用率。。。作为一种高性价比的甲基化研究方法，，简化甲基化测序在大规模 临床样本的研究中具有广泛的应用前景。。。
MeRIP-seq
在转录后修饰中，，N6-甲基腺嘌呤（N6-methyladenosine, m6A）是mRNA和lncRNAs上最为普遍的修饰之一。。目前发现microRNA，，，circRNA, rRNA, tRNA和snoRNA上都有m6A修饰。。。。m6A修饰主要发生在RRACH序列中的腺嘌呤上，，，，其功能主要由Writer、、、Eraser和Reader决定。。。。Writer即甲基转移酶，，，目前已知这个复合物的成分有METTL3，，，，METTL14, METTL16, WTAP和KIAA1429等。。。。而ALKBH5和FTO作为去甲基酶（Eraser）可逆转甲基化。。目前发现m6A结合蛋白（Reader）有YTH结构域蛋白（YTHDF1, YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2）和核不均一蛋白HNRNP家族（HNRNPA2B1和 HNRNPC）。。
MeRIP-seq则是研究m6A修饰强有力的技术之一。。。。MeRIP-seq是将MeDIP、、RIP及RNA-seq技术结合起来，，在全基因组范围内检测RNA甲基化。。。利用特异性的RNA甲基化抗体进行免疫共沉淀反应，，，将获得的甲基化修饰片段进行测序，，，同时，，，设计Input对照样本消除背景。。。。
技术优势
携手RNA甲基化研究国际知名团队，，深度优化实验与分析流程；
提炼数十篇顶级RNA甲基化文章思路，，，，量身定制前沿实验方案；
提供多组学整合分析与功能验证一站式服务，，，大幅缩短实验周期；
一流的数据挖掘团队+丰富的论文审稿经验，，，加速科研成果发表。。。。
样本起始量与送样建议
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样本类型 |
起始量 |
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细胞 |
>5x106 |
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动物组织 |
>100 mg |
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植物 |
>5 g |
注意事项：详细样本准备指南，，，请联系在线客服。。
分析内容
1. 测序序列统计与质控
2. 参考基因组比对：参考基因组比对Reads统计、、、参考基因组比对区域分布、、测序数据比对分布
3. 全基因组Peak扫描：Peak calling、、、Peak注释
4. 差异Peak分析：差异Peak信息统计、、、、差异Peak基因GO富集分析、、差异Peak基因KEGG富集性分析
5. Motif分析
案例展示
客户案例1：m6A调控miRNA初级体识别加工
论文标题：N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing
刊登日期：2015年03月
发表杂志：Nature
影响因子：40.1
研究机构：美国洛克菲勒大学
在miRNA生物合成的第一步是在微处理蛋白复合物的帮助下对初级microRNA（pri-miRNA）进行加工。。。微处理蛋白复合物由RNA结合蛋白DGCR8和III型核糖核酸酶Drosha组成。。。这个起始事件需要DGCR8识别pri-miRNA发夹上茎和侧翼单链RNA的连接处，，并招募Drosha剪切双链RNA产生前体miRNA（pre-miRNA）。。pri-miRNA的加工机制已经被阐释，，，，但是目前并不知道DGCR8在众多具有二级结构的转录本中识别和结合pri-miRNA的机制。。。。
本研究中，，，，洛克菲勒大学Dr.Tavazoie教授发现在哺乳动物细胞中，，，METTL3会使pri-miRNA发生甲基化，，，，标记的pri-miRNA可以被DGCR8的识别和加工。。。。通过miRNA芯片分析发现，，，敲低METTL3会降低DGCR8与pri-miRNA的结合作用，，，引起成熟体miRNA表达量降低，，通过未经加工pri-miRNA含量增加。。。体外实验证实m6A会促进pri-miRNA的加工。。最后，，，，功能验证实验揭示METTL3能够促使miRNA成熟。。所以m6A标记是一个关键的转录后修饰，，，会促进miRNA生物合成的起始。。。
客户案例2：m6A识别酶HNRNPA2B1介导RNA加工
论文标题：HNRNPA2B1 Is a Mediator of m6A-Dependent Nuclear RNA Processing Events
刊登日期：2015年09月
发表杂志：Cell
影响因子：30.4
研究机构：美国洛克菲勒大学
已知m6A是mRNA中最普遍的一种内部修饰方式之一。。各种转录本如mRNA、、、lncRNA等上携带的m6A修饰能够影响RNA在细胞核中的“命运”如RNA降解以及转录后加工等。。。。洛克菲勒大学Dr.Tavazoie教授在文中验证了一种RNA结合蛋白HNRNPA2B1能够特异性识别转录本上的m6A修饰。。。这些发生m6A修饰的位点所在的motif与甲基化转移酶METTL3 motif相匹配。。。此外HNRNPA2B1能够直接与发生m6A修饰的miRNA初级体（pri-miRNA）相结合，，，与miRNA微处理蛋白复合物之一DGCR8一起促使pri-miRNA成熟体的加工。。。
参考文献
1. Alarcón C R, Lee H, Goodarzi H, et al. N6-methyl-adenosine (m6A) marks primary microRNAs for processing[J]. Nature, 2015, 519(7544):482.
2. Alarcón C R, Goodarzi H, Lee H, et al. HNRNPA2B1 Is a Mediator of m(6)A-Dependent Nuclear RNA Processing Events.[J]. Cell, 2015, 162(6):1299-1308.
常见问题
1.样本处理有什么特殊的要求吗？？？？
样本处理方法根据实验室是否有液氮分为如下两种情况：
有液氮的情况：
组织样品离体后，，，，快速用RNase-free配制的生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍，，，，并吸干表面的液体，，，，迅速的将样本分割成长宽高<=0.5cm的小块（一般重约100mg，，不过无需精准测量，，，一般需要10个小块左右），，，将样本放入已标记好名称且预冷好的Rnase-free的螺纹管中（不要将盖子拧死，，以免从液氮中取出时破裂），，，，迅速投入液氮中速冻>=1h，，然后取出置于-80℃保存，，干冰运输。。。
没有液氮的情况：
提前准备好RNase-free的1.5mL的EP管，，，，向其中加入1mL的RNAfixer。。。。
组织样品离体后，，，快速用RNase-free生理盐水/PBS清洗样本表面的污渍，，，并吸干表面的液体，，迅速的将样本分割成长宽高<=0.5cm，，，，约豌豆大小的小块（一般重约100mg，，不过无需精准测量，，一般需要10个小块左右），，，然后投入提前准备好的1.5mL的EP管中，，使样本完全浸没在液体中，，，，然后置于-80℃中保存，，，，干冰运输。。
注意：实验操作过程中请务必确保无RNA酶污染。。。
2.m6A检测方法有哪些，，，，只能用测序的方法来检测吗？？？
定量方法：LC-MS/MS、、、、EpiQuik m6A RNA Methylation Quantification Kit（比色法）
高通量测序：m6A-seq（MeRIP-seq）、、、miCLIP-seq
定量方法只能检测整体m6A水平，，无单碱基分辨率；但是测序方法则没有此限制。。。。您可以根据实验的具体需求选择对应的检测方法。。。
ATAC-seq
在有限的细胞核空间中，，基因组的大部分是紧密折叠的，，，，仅留下需要转录的部分是开放的。。。活化的调控序列上结合有转录因子，，，转录因子会招募其他蛋白启动基因转录。。人体内有些基因几乎一直处于开启状态，，，，有些基因用过之后就被闲置在一边，，它们的活性都处于严格的调控之下。。ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing），，，，利用DNA转座酶结合高通量测序技术，，，，来研究染色体的可进入性。。ATAC-seq 只需要很少的细胞就能鉴定基因组中所有活跃的调控序列。。。
生物信息学分析内容
Chip-seq
结合染色质免疫共沉淀技术（ChIP）和高通量测序技术，，，对目的蛋白结合的 DNA 片段进行测序，，，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白修饰、、、、转录因子等互作的 DNA 区段。。
生物信息学分析内容
Cut & tag
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）技术彻底改变了ChIP-seq实验的细胞量需求，，，使其从原先的10,000个大幅降低到了60个，，甚至单个细胞，，，这无疑是对生物学研究领域的一次重大突破。。。CUT&Tag技术的出现，，，，不仅极大地提高了实验的可行性和效率，，，更在传统ChIP-seq实验中存在的信噪比和数据重复性等问题方面实现了质的飞跃。。。。
CUT&Tag技术是一种革新性的蛋白质-DNA互作研究方法，，，其独特之处在于它不需要使用免疫共沉淀，，，而是通过针对靶蛋白的抗体和Protein A的介导，，成功实现了Tn5酶（已与Protein A融合）在切割DNA片段的同时，，在序列两端添加测序接头。。。。经PCR扩增后，，，可以直接生成用于高通量测序的文库。。。。
生物信息学分析内容
